למרות פריצות הדרך בהבנת המנגנונים הביולוגיים השונים בעולם החי, נותרנו עדיין עם שורה ארוכה של שאלות שקשה למצוא להן תשובות מוחלטות. הנה כמה מהעיקריות שבהן.