במקביל לתגבור הכוחות והמצוד של צה"ל אחר מבצעי הפיגוע בחווארה, לאחר ההתפרעויות בכפר עשרות יהודים עלו למאחז אביתר. כוחות הביטחון עוסקים מאז אמש בפינוים. השר לביטחון לאומי איתמר בן גביר הודיע כי פנה הבוקר (שני). לראש הממשלה בנימין נתניהו וביקש ממנו להמשיך לאפשר את שהייתם של המתיישבים באביתר וזאת בהתאם להסכם הקואליציוני.
כאמור, המצוד אחרי המחבל שביצע אמש את פיגוע הירי הקטלני סמוך לחווארה נמשך, ובמערכת נערכים לפיגועי חקיינות. בנוסף, בעקבות ההתפרעויות האלימות בכפר חווארה, הנחה שר הביטחון יואב גלנט על תגבור כוחות ביהודה ושומרון, בדגש על שכם, ועל העלאת הכוננות גם בעזה ובירושלים. בנוסף נערכים במערכת הביטחון לירי רקטי מהרצועה לעוטף עזה וערי הדרום. במקביל, גורמים במערכת הביטחון מתחו ביקורת על ה"כשלון בהיערכות הכוחות" לכניסת המתנחלים הלילה לחווארה.
גורמי ביטחון מתחו ביקורת על היערכות הכוחות לכניסת מתנחלים במהלך הלילה לכפר חווארה, למרות שהקריאה להיכנס לכפר פורסמה מראש ברשתות החברתיות והאירוע היה צפוי. לטענת הגורמים לא היה צורך במודיעין כדי להבין את מה שעלול להתרחב והאירוע יכול להוביל למשבר דיפלומטי עולמי והסלמה כוללת.
