האפיפיור פרנציסקוס אמר בריאיון שהעניק לסוכנות הידיעות AP כי הוא מתנגד לחקיקה לפיה הומוסקסואליות תיחשב לעבירה פלילית, וכינה מהלך שכזה "לא מוצדק". לדבריו, "האל אוהב את כל ילדיו כפי שהם, והומוסקסואליות אינה פשע", אך הדגיש כי אכן מדובר בחטא.
את התמיכה בחקיקה המפלה, שמקבלת רוח גבית מבישופים קתוליים ברחבי העולם, ביקר פרנציסקוס ואמר כי עליהם לעבור "הליך המרה", ולהפעיל "רוך ושביעות רצון". הוא הוסיף כי "ישנן מדינות או לפחות תרבויות שיש להן את הנטייה החזקה הזאת להומוסקסואליות. אני חושב שזה לא-מוצדק. כולנו ילדי האלוהים, ואלוהים אוהב אותנו כפי שאנו, ועבור החוזקה הזו על כל אחד מאיתנו להלחם על כבודנו. להיות הומוסקסואל זה לא פשע. זה כן חטא - אבל חטא זה גם לחסור צדקה אחד כלפי השני".
פרנציסקוס הביע מספר פעמים את דעתו על הקהילה הגאה בפומבי, כאשר כבר ביולי 2013, חודשים ספורים אחרי בחירתו לתפקיד, אמר כי "אם אדם מסוים הוא הומו שמאמין באלוהים ושיש לו רצון טוב - מי אני שאשפוט אותו?". בסרט דוקומנטרי שיצא ב-2020 קרא האפיפיור לאפשר איחוד אזרחי על פי חוק לזוגות מאותו המין - אמירה שלמעשה סתרה את עמדת הוותיקן וקודמיו בתפקיד.
