בדרכו לפרקליטות המדינה הוא לא חמק מביקורת צולבת חריפה שהושמעה נגדו. עם מינויו בשנת 2013 על ידי ציפי לבני, שהייתה אז שרת המשפטים, נשמעה הביקורת מצד חברי כנסת מהליכוד ומהבית היהודי שטענו שדרך המינוי הייתה משחק מכור של ועדת האיתור, והממשלה הייתה חותמת גומי בלבד.
אולם גם הביקורת הארסית לא גרמה לו להירתע מול הראיות שחייבו אותו לפתוח בשלוש חקירות נגד ראש הממשלה בנימין נתניהו, והוא לא היסס להביע את דעתו בנושא. על פרשת המעונות אמר בתקיפות: "אני לא מבין איך אפשר לקרוא לארוחות במסעדות יוקרה במאות אלפי שקלים – חמגשיות".
הביקורת לא חדלה לרדוף אותו גם חמש שנים לאחר מינויו, ובאוגוסט 2018 גורמים שונים בפרקליטות ביקרו אותו בחריפות וטענו כי עם פרישתו הוא "ישאיר אחריו אדמה חרוכה". הם האשימו אותו במריחת תיקים ופרשיות רגישות וטענו כי הוא מוריד את רף המלחמה בשחיתות וגורם ל"מכירת חיסול של הפרקליטות". לטענתם, הוא מציג את עצמו כלוחם בשחיתות, אך "החלטותיו מעידות אחרת".
מי אתה שי ניצן?
