בעקבות טבח 7 באוקטובר ומלחמת חרבות ברזל שפרצה בעקבותיו, מערך הכליאה בישראל נקלע למשבר חמור: מספר האסירים הביטחוניים הוכפל לכ-10,000, בעוד שבשירות בתי הסוהר (שב"ס) חסרים אלפי מקומות כליאה - כך עולה היום (שלישי) מדוח מבקר המדינה.
על פי ממצאי הדוח, שב"ס וצה"ל לא נערכו לתרחיש של מלחמה רחבת היקף, ומצוקת הכליאה פגעה ביכולת של שב"כ לבצע מעצרים וחקירות. ערב המלחמה עמד תקן הכליאה של שב"ס על 14,500 מקומות, אך בפועל נדחסו אליהם 16,200 כלואים.
מאז פרוץ המלחמה ועד ינואר 2025 נכלאו עוד כ-4,800 אסירים ביטחוניים, נתון שהביא את המערכת לשיא של 23,400 כלואים (מתוכם 10,000 ביטחוניים). מצוקת הכליאה הקשה הובילה לפגיעה ישירה בביטחון: שב"כ נאלץ לצמצם ולבטל מעצרים מתוכננים ביהודה ושומרון, דבר שפגע באפקטיביות החקירות.
עוד עולה מהדוח כי ביולי 2024 שוחררו 19 עצירים ביטחוניים, בהם מנהל בית החולים שיפא. זאת, למרות הערכות סיכון ביטחוניות, ומבלי שראש הממשלה בנימין נתניהו עודכן או אישר את המהלך.
נכון לחודש פברואר 2026, לא הוגש כתבי אישום נגד המחבלים שהשתתפו בטבח 7 באוקטובר. הדבר נבע מהחלטה משותפת של נתניהו ושר המשפטים יריב לוין שלא לקדם את ההליכים כל עוד מוחזקים חטופים ברצועת עזה. עם זאת, גם כיום, כאשר חלפה יותר מחצי שנה מאז שוחררו החטופים, טרם הוגשו כתבי אישום.
מבקר המדינה, מתניהו אנגלמן, קרא לממשלה להכריז על הרחבת מקומות הכליאה כ"פרויקט לאומי דחוף", לגבש אומדן ארוך טווח בשיתוף צה"ל, ולזרז את חקיקת חלופות המאסר לאסירים פליליים כדי לפנות מקום למחבלים. המבקר קבע בדוח כי התמשכות התהליך המשפטי פוגעת בהרתעה ומעכבת את עשיית הצדק עם הקורבנות.
מצה"ל נמסר בתגובה לפרסום הדוח כי שב"ס נושא באחריות המלאה. "שירות בתי הסוהר הוגדר על ידי הדרג המדיני כארגון הכליאה הלאומי, ובהתאם לכך הוא נושא באחריות המלאה על כליאה ממושכת של עצורים ואסירים ביטחוניים". "בניגוד לנטען בדו"ח, צה"ל נדרש בפקודות הצבא ובאמנה שגובשה יחד עם שירות בתי הסוהר להיערך להחזקת עצורים ביטחוניים לזמן קצר בלבד, ובשום שלב לא קיבל הנחייה אחרת".
