בדוח מבקר המדינה עולה כי מתקני ההתפלה היו חשופים ללשלשת ציפורים, לדליפה של תזקיקי דלק ולעכירות במים, כאשר מפעילי המתקנים לא דיווחו על המפגעים בזמן למשרד הבריאות. כחלק מכך, בשל אי הדיווח, ב-18 מקרים שאירעו בשנת 2023 בהם הייתה עכירות גבוהה מים, לא עצרו את ייצור המים במתקני ההתפלה.

על אף שמשרד הבריאות נדרש לבצע ביקורת במתקני ההתפלה אחת לשנה, שכן כשליש ממי השתייה בישראל מקורם במים מותפלים, בפועל לא בוצעו במשך שש שנים ביקורות באף אחד מחמשת מתקני ההתפלה הגדולים בחדרה, אשדוד, אשקלון, פלמחים ושורק.

עוד עלה בדוח כי רשות המים לא השלימה הכנת תוכנית אב למשק המים יותר מ-13 שנים, תוכנית שתהווה בסיס לתכנון ופיתוח מתקני התפלה. בנוסף, משרדי הממשלה אינם מקדמים במשך יותר מעשור הקמה של מתקן פיילוט להתפלת מים שמכיל מגנזיום. זאת, חמרות מסוכנותו של המגנזיום לבריאות הציבור. 

מתקן התפלת מים באשדוד צילום: אדי ישראל, פלאש 90