משרדי התחבורה והאוצר לא ניתחו את הכדאיות מבחינת עלויות מול תועלות של מודל הקמת כבישים בשיטת שותפות ציבורית-פרטית, לעומת הקמת כביש תקציבי, ולא בדקו את התועלות של פרויקטי כבישי האגרה.

לפי המבקר, הבדיקות בנוגע להרחבת הקטע המרכזי בכביש 6, שאמורה להפחית את עומסי התנועה, התגבשו באוגוסט 2022 לתוספת שלישית להסכם הזיכיון להרחבת כביש 6 עד שנת 2028, אך החלו באיחור. זאת על אף שהעומסים הכבדים בכביש החלו כמה שנים קודם.

עוד קבע המבקר כי יש פער ובלבול בין תעריפי כביש 6 בקטע המרכזי לעומת כביש 6 צפון, למרות סמיכותם הגיאוגרפית. בנוסף, חרף העומסים ההולכים וגדלים, המשרדים וחברת חוצה ישראל לא פעלו בשיתוף עם הזכיין לשינוי מבנה התעריפים בכביש 6 בקטע המרכזי לגבי רכב פרטי, כפי שנקבע בהסכם הזיכיון המקורי. ביקורת נרשמה גם על רמת השירות של המפעילים.