הנגבי, שממלא את מקומו של נתניהו כראש ממשלה בזמן שהותו בביקור בהונגריה, הוסיף כי  "כמו כל אזרח גם אני חש תחושת מועקה שהאנשים שצריכים לעסוק באופן נקי וחוקי בסוגיות רגישות מאוד - גם בהם נפלה השלהבת". עם זאת, לדבריו, "זה לא דבר חדש, כבר היה מקרה דומה לפני עשרות שנים עם רמי דותן, שהיה בתפקיד בכיר בחיל האוויר, ונחשד בדיוק בעניין הזה של רכש. הפעם המעורבות של אנשים מאוד מטרידה, כולנו מייחלים לכך שלא היו עבירות מעולם".

בנוגע לדברים שאמרו ראש המל"ל לשעבר עוזי ארד ושר הביטחון לשעבר משה יעלון, שטענו כי ראש הממשלה מעורב בפרשה וכי מדובר ב"רעידת אדמה", אמר הנגבי כי הם מונעים משיקולים לא ענייניים. "שמעתי את דברי שניהם, ולצערי כחוט השני עובר בהם. ארד ויעלון נאלצו לסיים את תפקידם לצד ראש הממשלה. אני לא חושב שהם ממציאים, אבל כמו חלקים גדולים בתקשורת, הם מנסים בכוח לקשר את ראש הממשלה לפרשות בלי שיש להם שביב מידע". על האנשים הקרובים לראש הממשלה שנעצרו ונחקרו: עורך הדין דוד שמרון שוחרר אחרי מעצר אחד קצר. זה אומר הרבה, המשטרה לא מרבה לשחרר אנשים חשודים ועוד לחו"ל".

על הצורך ברכישת הצוללות הנוספות אמר הנגבי: "יש שלוש צוללות שבעוד עשור הם יוצאות מהמים. הוחלט אך ורק על שלוש צוללות שמחליפות את הקיימות. לא היה ולא נברא דיבור על החלטה בנוגע לצוללות נוספות".