שר המדע והטכנולוגיה יזהר שי הודיע הבוקר (ראשון) לבג"ץ על אישור מינויה של פרופסור יעל אמיתי לנגידה במועצת הנגידים של קרן גרמניה-ישראל למחקר ולפיתוח מדעי. המינוי עוכב בשנים האחרונות עקב סירובו של השר הקודם אופיר אקוניס לאשר את המינוי. ההתנגדות נבעה מחתימה של אמיתי על עצומה הקוראת לאוניברסיטאות להעניק לחיילים שסירבו לשרת בשטחים תמיכה והקלות שקולות לאלו הניתנות לחיילים אחרים.
בעקבות הסירוב הוגשו לבג"ץ עתירות בנושא וההחלטה נדחתה כמה פעמים. עם כניסתו לתפקיד ביקש השר שי ארכה של שלושה שבועות כדי ללמוד את הנושא, והבוקר הגיש את תשובתו לבית המשפט.
שי מסר: "עד כמה שקשה לי עם הדעה המובעת בעצומה, החלטתי שלא לערב שיקולים זרים בעבודה המקצועית שלשמה נבחרה אמיתי. החיילים שאנחנו שולחים לקרב מגינים על הבית ועל הדמוקרטיה הישראלית. ובדמוקרטיה, אנחנו גם נלחמים על זכותם של אחרים להביע דעות אחרות משלנו, לפעמים אלו גם דעות מרגיזות ומקוממות. נשלחתי לכנסת ולממשלה גם כדי להגן בכל דרך אפשרית על הדמוקרטיה הישראלית. ואני עושה זאת היום בגאווה גדולה".
אקוניס הגיב להחלטה ומסר: "החלטה מצערת ושגויה שנותנת לגיטימציה לסרבנות ופוגעת בערכים הבסיסיים ביותר של החברה הישראלית. פרופ׳ אמיתי שלא חזרה בה משידולה לסרבנות ואמריתה שאינה מייצגת את ישראל בפורום הזה, אינה ראויה לייצג את המדינה בשום פורום בינ״ל. מצער אך לא מפתיע ששר המדע הנכנס לא עמד על עקרון כל כך יסודי וקונצזואלי".
בנובמבר 2018 התייצב אקוניס בעצמו באופן חריג בדיון בבג"ץ, בשל סירוב המדינה לייצג את עמדתו. על פי העמדה שהציג השר הוא מתנגד לסרבנות משני צדי המפה הפוליטית. לדברי אקוניס הוא פועל לפסילת המינוי משום שאמיתי סירבה לחזור בה מתוכן המכתב עליו חתמה.
אקוניס החליט בחודש יולי 2018 לא לאשר את מינויה של אמיתי לוועדה של הקרן המדעית הישראלית-גרמנית. זאת מכיוון שבשנת 2005 היא חתמה על העצומה, לאחר ההחלטה עתר ועד ראשי האוניברסיטאות לבג"ץ נגד החלטתו של אקוניס. בעקבות המהלך החליטו שתי מדעניות, מתוך שלושת החברים הגרמנים בוועדה, להתפטר מתפקידן.
