עוד לפני שהודיע על חזרתו לפוליטיקה ועל הקמת מפלגת ישראל דמוקרטית, נשאל אהוד ברק כמה פעמים על הכסף שקיבל מקרן וקסנר, ובכל הפעמים לא נתן תשובה מספקת. בין 2006-2004 קיבל ברק 2.3 מיליון דולר מקרן וקסנר עבור מחקר, אך ראש הממשלה לשעבר והקרן לא מוכנים לומר עד היום מה היה המחקר, ויתרה מזאת - ברק הוא היחיד שקיבל מקרן וקסנר, בכל 30 שנות פעילותה, כסף עבור מחקר.
שאלות משמעותיות עוד יותר הן מהי בדיוק אותה קרן, שמאז שנות השמונים מממנת מלגות ללימודי תואר שני עבור בכירי השירות הציבורי והביטחוני בישראל? ולמה הקרן הפרטית הזו בכלל דואגת להשכלת אותם בכירים, ולא המדינה עושה זאת?
