אחת המחלוקות המשמעותיות בין מפכ"ל המשטרה קובי שבתאי לבין השר איתמר בן גביר נגעה בהכנסת שב"כ לטיפול בפשעה בחברה הערבית. כך פורסם הערב בחדשות שישי.
בשתי הזדמנויות בשבועיים האחרונים התנגד המפכ"ל להכנסת שב"כ לטיפול בפשיעה. ראשית, עשה זאת במכתב לראש הממשלה נתניהו שבו כתב כי יש לתת טכנולוגיות רלוונטיות למשטרה ולא להכניס גוף חדש.
לאחר מכן, בישיבת היערכות עם כל הגורמים הרלוונטיים בראשון, שם אמר בנוכחות רה"מ וראש השב"כ: "לא צריך לערב את השב"כ בטיפול בפשיעה. למשטרה יש כח לטפל בנושא והיא יכולה להתגבר על זה". לאחר מכן נזף השר בן גביר בשבתאי: "יש בינינו מחלוקת תהומית, אתה יוצא נגד המדיניות שלי".
