הרב שמואל אליהו, רב העיר צפת וחבר מועצת הרבנות הראשית, יצא בחריפות נגד העסקה המתגבשת לשחרור החטופים במהלך שיעורו השבועי המשודר בימי שני בשעה 20:00 ב'כאן מורשת'. לדבריו, שחרור מחבלים רוצחים עומד בניגוד מוחלט להלכה.
"התורה אוסרת ארבע פעמים על שחרור רוצחים", הדגיש הרב אליהו. "מדברים על שחרור של 3,000 מחבלים, מתוכם 300 רוצחים. אני פונה לחברי הכנסת הדתיים - כשאתם באים להצביע על העסקה, תבדקו מה ההלכה אומרת, מה כתוב בתורה, ברמב"ם ובגמרא, לא מה כתוב בעיתונים".
הרב אליהו, המשתייך למגזר הדתי-לאומי ומקורב לשר האוצר, הזהיר מפני ההשלכות ארוכות הטווח של שחרור מחבלים: "על פי נתוני ארגון אלמגור, 14 אחוז מהמשוחררים חוזרים לפעילות רצחנית. משמעות הדבר היא שמתוך 3,000 המחבלים שישוחררו, למעלה מ-400 יחזרו לפעילות טרור". הוא הוסיף כי 70 אחוז מהמשוחררים הופכים למסיתים נגד ישראל.
בהתייחסו לטבח השביעי באוקטובר, טען הרב כי הוא תוצאה ישירה של "טירוף שחרור המחבלים בעסקת שליט". לדבריו, "בגלל העסקה המופקרת ההיא, המשא ומתן עכשיו כל כך קשה. המחבלים יודעים שעל אדם אחד שחררנו אלף מחבלים".
הרב קרא לשרים וחברי הכנסת לעשות כל שביכולתם לעצור את ההסכם המתגבש: "אף אחד לא מינה אתכם כדי לסכן את החיים שלנו. שחררו את החטופים באמצעות לחץ צבאי, לא בסיכון חיים של חיילים ואזרחים".

בסוגיית הסיוע ההומניטרי, טען הרב אליהו כי העברת 64 אלף טון מזון לעזה, בלחץ הממשל האמריקאי, מחלישה את המנופים על חמאס לשחרור החטופים. "חשוב מאוד לשחרר שבויים", סיכם, "אבל אין היתר לסכן את עם ישראל בשביל זה".