מקורביו של הנשיא יצחק הרצוג ביקשו הערב (שבת) הבהרות מלשכת ראש הממשלה לגבי דבריו של נשיא ארה"ב דונלד טראמפ על בקשת החנינה של נתניהו. בבית הנשיא אמרו כי "אם נתניהו מעורב - זו חציית קו אדום".
בסביבת נתניהו הגיבו לדברים והבהירו כי "התבטאותו של הנשיא טראמפ שלשום בעניין החנינה היתה על דעתו בלבד. ראש הממשלה שמע על כך בתקשורת ולא ידע מראש, כשם שלא ידע מראש על התבטאותו של הנשיא בנושא זה בנאומו בכנסת".
כאמור, שלשום תקף טראמפ את הנשיא הרצוג ואמר כי "נתניהו צריך לקבל חנינה, והנשיא הרצוג צריך להתבייש בכך שהוא לא נותן לו חנינה". טראמפ גם החמיא לעבודתו של נתניהו כראש ממשלה בזמן מלחמה. עם זאת, כשנשאל על אחריות ראש הממשלה ל-7 באוקטובר השיב כי "כולם נושאים באחריות".
הרצוג, שהיה באותה עת בטיסה חזרה לישראל מביקור באוסטרליה, הגיב לטראמפ ומסר: "למען הסדר הטוב, כפי שהובהר שוב ושוב, בקשתו של ראש הממשלה נמצאת על פי הכללים במשרד המשפטים, לקבלת חוות דעת, ורק לאחר סיום התהליך נשיא המדינה יבחן את הבקשה על פי החוק, טובת המדינה, לפי צו מצפונו וללא כל השפעה מלחצים חיצוניים או פנימיים כאלו או אחרים".
הרצוג הוסיף כי הוא "מוקיר את הנשיא טראמפ על תרומתו המשמעותית למדינת ישראל וביטחונה. ישראל היא מדינת חוק ריבונית. בניגוד לרושם שנוצר מדבריו של הנשיא טראמפ - הנשיא הרצוג טרם קיבל החלטה כלשהי בנושא".
בנובמבר הגיש נתניהו מכתב לנשיא הרצוג בו קרא לבטל את האישומים נגדו. בבקשה לא לא הודה ראש הממשלה באשמה על המעשים בהם נאשם במסגרת משפטו. הוא הוסיף כי "האינטרס האישי שלי היה ונותר להמשיך את התהליך עד סופו, עד לזיכויי המלא בכל האישומים. אבל המציאות הביטחונית והמדינית, האינטרס הלאומי, אלה מחייבים אחרת. מדינת ישראל ניצבת מול אתגרים כבירים".
טראמפ התייחס כמה פעמים לנושא ואף שלח בחודש נובמבר איגרת להרצוג הקוראת לו לשקול מתן חנינה לראש הממשלה בנימין נתניהו. באיגרת שיבח הנשיא האמריקני את עמידתו האיתנה של ראש הממשלה בזמן המלחמה הקשה. "ממליץ לחון את נתניהו, שהיה ראש ממשלה נחוש בזמן מלחמה וכעת מוביל את ישראל בדרכי השלום".
ב-13 באוקטובר, בעודו נואם בכנסת לראשונה אחרי שחרור 20 החטופים החיים, פנה הנשיא טראמפ בהלצה להרצוג, וביקש ממנו לחון את ראש הממשלה לעיני כלל הנוכחים. הוא זכה לקול תשואות מהקהל, והוסיף: "סיגרים ושמפניות? נו באמת".
